黑头黄鹂国内分布于西藏南部通麦、扎曲贡、申达和昌都地区西南部,云南西北部丽江、维西、中甸,四川西南部木里、西部康定、北部汶川、平武、中部峨眉、宝兴和甘肃西部。
国外分布于巴基斯坦、克什米尔、尼泊尔、锡金和印度阿萨姆等喜马拉雅山地区以及缅甸北部。
黑头黄鹂栖息于海拔3000m以上的高山针叶林和针阔叶混交林、桦树林、栎林、林线以上的杜鹃灌丛和矮树丛中,冬季常下到3000m以下甚至2000m左右的低山山脚和沟谷地带。